PhIPData

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhIPData

这是发展PhIPData版本;稳定版请参见PhIPData

PhIP-Seq实验容器

Bioconductor版本:开发(3.17)

PhIPData为噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-seq)实验定义了一个S4类。在rangedsummarizeexperimental类的基础上,PhIPData使用户能够在分析中协调元数据与实验数据。此外,PhIPData提供了专门的方法来子集和识别纯珠样本,使用病毒别名子集对象,并使用现有的肽库填充对象参数。

作者:Athena Chen [aut, cre], Rob Scharpf [aut], Ingo Ruczinski [aut]

维护者:Athena Chen

引文(从R内,输入引用(“PhIPData”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PhIPData")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“PhIPData”)

超文本标记语言 R脚本 PhIPData:用于PhIP-Seq实验的容器
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 报道DataRepresentation基础设施测序软件
版本 1.7.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.1.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口 BiocFileCacheBiocGenerics、方法、GenomicRangesIRangesS4Vectors刨边机cli,跑龙套
链接
建议 BiocStyletestthatknitrrmarkdowncovrdplyrreadrwithr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/athchen/PhIPData/issues
全靠我 啤酒
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 PhIPData_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 PhIPData_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) PhIPData_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) PhIPData_1.7.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhIPData
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PhIPData
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/PhIPData/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PhIPData/
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