PhIPData

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhIPData

这是发展PhIPData版本;稳定版请参见PhIPData．

PhIP-Seq实验容器

Bioconductor版本:开发(3.17)

PhIPData为噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-seq)实验定义了一个S4类。在rangedsummarizeexperimental类的基础上，PhIPData使用户能够在分析中协调元数据与实验数据。此外，PhIPData提供了专门的方法来子集和识别纯珠样本，使用病毒别名子集对象，并使用现有的肽库填充对象参数。

作者:Athena Chen [aut, cre]， Rob Scharpf [aut]， Ingo Ruczinski [aut]

维护者:Athena Chen

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PhIPData")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PhIPData”)

超文本标记语言	R脚本	PhIPData:用于PhIP-Seq实验的容器
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DataRepresentation，基础设施，测序，软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)，SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口	BiocFileCache，BiocGenerics、方法、GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，刨边机，cli,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown，covr，dplyr，readr，withr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/athchen/PhIPData/issues
全靠我	啤酒
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PhIPData_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	PhIPData_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PhIPData_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PhIPData_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhIPData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PhIPData
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PhIPData/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PhIPData/
软件包下载报告	下载数据