PathoStat

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathoStat

这是发展PathoStat版本;稳定版请参见PathoStat．

PathoStat统计微生物组分析包

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包的目的是对测序数据样本的宏基因组结果进行统计微生物组分析。特别是，它支持对PathoScope生成的报告文件进行分析。PathoStat提供各种功能，包括相对丰度图表、多样性估计和图表、差异丰度测试、时间序列可视化和核心OTU分析。

作者:Solaiappan Manimaran ， Matthew Bendall < Bendall at gwmail.gwu.edu>， Sandro Valenzuela Diaz ， Eduardo Castro ， Tyler Faits ， Yue Zhao ， Anthony Nicholas Federico ， W. Evan Johnson

维护者:Solaiappan Manimaran ， Yue Zhao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PathoStat")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PathoStat”)

超文本标记语言	R脚本	PathoStat介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，ImmunoOncology，宏基因组，微阵列，微生物组，PatternLogic，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5)
进口	limma，corpcor，matrixStats，reshape2，尺度，ggplot2，rentrez，DT，tidyr，plyr，dplyr，phyloseq，闪亮的，统计，方法，XML，图形，utils，BiocStyle，刨边机，DESeq2，ComplexHeatmap，情节，webshot，素食主义者，shinyjs，glmnet，gmodels，ROCR，RColorBrewer，knitr，devtools，猿
链接
建议	rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mani2012/PathoStat
BugReports	https://github.com/mani2012/PathoStat/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PathoStat_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	PathoStat_1.25.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PathoStat_1.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PathoStat
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PathoStat
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PathoStat/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PathoStat/
软件包下载报告	下载数据