Path2PPI

DOI:10.18129 / B9.bioc.Path2PPI

这是发展Path2PPI版本;稳定的发布版本,请参阅Path2PPI。

pathway-related预测蛋白质相互作用网络

Bioconductor版本:发展(3.18)

包来预测蛋白质相互作用(PPI)网络在目标生物的质子泵抑制剂只有一个视图的信息是可用的。Path2PPI预测PPI网络基于组蛋白可以属于一个特定通路的生物模型。它有助于结合和传输信息的某种途径或生物过程从几个参考生物一个目标生物。Path2PPI只取决于相关蛋白质的序列相似性。

作者:奥利弗·菲利普(aut (cre),在科赫(施)

维护人员:奥利弗·菲利普·<联系在oliverphilipp.info >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Path2PPI”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Path2PPI”)

HTML	R脚本	Path2PPI——一个简短的教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	网络,NetworkInference,通路,蛋白质组学,软件,SystemsBiology
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.2.1), igraph(> = 1.0.1)方法
进口
链接
建议	RUnit knitr, rmarkdown,BiocGenerics,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatik.uni-frankfurt.de/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Path2PPI_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	Path2PPI_1.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Path2PPI_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Path2PPI_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Path2PPI
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Path2PPI
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Path2PPI/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Path2PPI/
包下载报告	下载数据