PanomiR

DOI:10.18129 / B9.bioc.PanomiR

这是发展PanomiR版本;稳定的发布版本,请参阅PanomiR。

检测microrna调节群体互动的途径

Bioconductor版本:发展(3.17)

PanomiR是一个目标群体的包检测microrna基因表达数据的途径。这个包提供了生成途径活性功能概要文件,确定不同激活通路之间指定条件,确定集群的途径通过PCxN包,并生成microrna的集群目标路径。可以使用这些函数分别按顺序或分析RNA-Seq数据。

作者:Pourya Naderi (aut (cre),悦阳(Alan) Teo (aut), Ilya Sytchev (aut),温斯顿隐藏(aut)

维护人员:Pourya Naderi < pouryany gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“PanomiR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PanomiR”)

HTML	R脚本	PanomiR教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,通路,软件,microrna的
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	clusterProfiler,dplyr,forcats,GSEABase,igraph,limma,metap,org.Hs.eg.db平行,preprocessCore,RColorBrewer,rlang,宠物猫,withr,跑龙套
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pouryany/PanomiR
BugReports	https://github.com/pouryany/PanomiR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PanomiR_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	PanomiR_1.3.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	PanomiR_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	PanomiR_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PanomiR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PanomiR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PanomiR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PanomiR/
包下载报告	下载数据