PWMEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.PWMEnrich

这是发展PWMEnrich版本;稳定的发布版本,请参阅PWMEnrich。

PWM富集分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

高级功能的工具箱建立在Biostrings DNA扫描和浓缩主题分析。已知的主要功能是PWM富集分析PWM(如MotifDb等数据库),但包还实现了PWM扫描和可视化的高级功能。包不执行“新创”主题的发现,而是专注于使用实验派生或计算上的图案由其他工具。

作者:罗伯特•Stojnic迭戈Diez

维护人员:迭戈Diez < diego10ruiz gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“PWMEnrich”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PWMEnrich”)

PDF	R脚本	“PWMEnrich”包的概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MotifAnnotation,SequenceMatching,软件
版本	4.35.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics,Biostrings
进口	网格,seqLogo,gdata,evd,S4Vectors
链接
建议	MotifDb,BSgenome,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,PWMEnrich.Dmelanogaster.background,testthat,gtools平行,PWMEnrich.Hsapiens.background,PWMEnrich.Mmusculus.background,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	PWMEnrich.Dmelanogaster.background,PWMEnrich.Hsapiens.background,PWMEnrich.Mmusculus.background
进口我
建议我	rTRM
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PWMEnrich_4.35.0.tar.gz
Windows二进制	PWMEnrich_4.35.0.zip
macOS二进制(x86_64)	PWMEnrich_4.35.0.tgz
macOS二进制(arm64)	PWMEnrich_4.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PWMEnrich
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PWMEnrich
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PWMEnrich/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PWMEnrich/
包下载报告	下载数据