PSMatch

DOI:10.18129 / B9.bioc.PSMatch

这是发展PSMatch版本;稳定的发布版本,请参阅PSMatch。

处理和管理肽谱匹配

Bioconductor版本:发展(3.17)

PSMatch包帮助蛋白质组学从业者负荷,处理和管理肽谱匹配。它提供了功能模型peptide-protein关系邻接矩阵和连接组件,想象这些图表和对共享肽筛选做出明智的决定。包还提供了函数计算和想象一碎片离子。

作者:洛朗与(aut (cre),Johannes Rainer (aut)Sebastian吉布(aut)塞缪尔·Wieczorek[所有],托马斯汉堡(施)

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“PSMatch”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PSMatch”)

HTML	R脚本	一份碎片离子
HTML	R脚本	了解蛋白质组与邻接矩阵
HTML	R脚本	处理PSM数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	S4Vectors
进口	跑龙套,统计数据,igraph、方法、矩阵,BiocParallel,BiocGenerics,ProtGenerics(> = 1.27.1),QFeatures,MsCoreUtils
链接
建议	msdata,rpx,mzID,mzR,光谱,SummarizedExperiment,BiocStyle,rmarkdown,knitr,factoextra,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/PSM
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/PSM/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PSMatch_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	PSMatch_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	PSMatch_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	PSMatch_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PSMatch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PSMatch
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PSMatch/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PSMatch/
包下载报告	下载数据