POWSC

DOI:10.18129 / B9.bioc.POWSC

这是发展POWSC版本;稳定的发布版本,请参阅POWSC。

仿真、电力评估,并为单细胞RNA-seq样本大小的建议

Bioconductor版本:发展(3.18)

确定样本容量足够的权力来检测统计显著性是一个关键的一步在设计阶段为高通量实验。尽管很多方法和工具可供样本量计算微阵列和RNA-seq微分表达式(DE)的背景下,这一主题领域的单细胞RNA序列是可以理解的。此外,独特的数据特征出现在scRNA-seq稀疏和异质性等增加的挑战。基于仿真的方法,我们提出POWSC提供电力评估和样本大小推荐单细胞RNA测序分析。POWSC由数据模拟器创建现实的表达数据,和能力评估员提供了一个综合评价和可视化的权力和样本大小的关系。

作者:许克农Su (aut (cre),吴皓(aut)

维护人员:许克农苏<平锣。苏:emory.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“POWSC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“POWSC”)

HTML	R脚本	POWSC用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1),Biobase,SingleCellExperiment,桅杆
进口	pheatmap、ggplot2 RColorBrewer grDevices,SummarizedExperiment,limma
链接
建议	rmarkdown、knitr testthat (> = 3.0.0),BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	POWSC_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	POWSC_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	POWSC_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	POWSC_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/POWSC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ POWSC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/POWSC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/POWSC/
包下载报告	下载数据