POMA

DOI:10.18129 / B9.bioc.POMA

这是发展POMA版本;稳定版请参见POMA

组学数据分析工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

一个可重复和易于使用的工具包,用于组学数据集的可视化,预处理,探索和统计分析。POMA的主要目的是在一个易于理解和用户友好的R包中实现灵活的数据清理和统计分析过程。这个包有一个闪亮的应用程序版本,叫做POMAShiny,实现了所有的POMA功能。见https://github.com/pcastellanoescuder/POMAShiny。参见Castellano-Escuder P, González-Domínguez R, Carmona-Pontaque F, et al. (2021) 欲知详情。

作者:Pol Castellano-Escuder [aut, cre]

维护者:Pol Castellano-Escuder

引文(从R内,输入引用(“POMA”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("POMA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“POMA”)

超文本标记语言 R脚本 POMA EDA示例
超文本标记语言 R脚本 POMA归一化方法
超文本标记语言 R脚本 POMA工作流
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect分类聚类DecisionTreeDimensionReductionMultidimensionalScaling归一化预处理PrincipalComponentRNASeq回归软件StatisticalMethod可视化
版本 1.9.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0)
进口 扫帚脱字符号ComplexHeatmapdbscandplyrDESeq2ggplot2ggrepelglasso(> = 1.11),glmnet嫁祸于limmamagrittrmixOmicsrandomForestRankProd(> = 3.14),rmarkdownSummarizedExperiment宠物猫tidyruwot素食主义者
链接
建议 BiocStylecovrggraphknitr拼接而成情节tidyversetestthat2.3.2 (> =)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/pcastellanoescuder/POMA
BugReports https://github.com/pcastellanoescuder/POMA/issues
全靠我
进口我
建议我 fobitools
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 POMA_1.9.0.tar.gz
Windows二进制 POMA_1.9.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) POMA_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) POMA_1.9.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/POMA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/POMA
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/POMA/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/POMA/
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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网