PDATK

DOI:10.18129 / B9.bioc.PDATK

这是发展PDATK版本;稳定的发布版本,请参阅PDATK。

胰腺导管腺癌作为工具

Bioconductor版本:发展(3.16)

胰腺导管腺癌(PDA)相对贫穷的预后,是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类有可能识别有意义的亚型可通知临床治疗策略。胰腺癌腺癌作为工具(PDATK)提供了一个S4基于类的接口进行无监督亚型的发现,cross-cohort meta-clustering, gene-expression-based分类,和随后的生存分析确定影响预后的有用亚型在胰腺癌和超越。两个新方法,共识亚型在胰腺癌(中海壳牌)和胰腺癌总体生存预测(PCOSP)包括一致同意meta-clustering和总生存期预测,分别。此外,四个亚型分类器和三个发表出版预后基因签名包含允许用户轻松地创建发布结果,现有分类器应用于新数据和基准的相对性能的新方法。使用现有的Bioconductor类作为输入所有PDATK类和方法使集成与现有Bioconductor数据集,包括21个胰腺癌患者群中可用MetaGxPancreas数据包。PDATK被用来复制结果Sandhu et al (2019) [https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]和额外的纸是在工程使用包括出版中海壳牌验证亚型分类器,这两个在MetaGxPancreas使用可用的数据。包含亚型质心和预后基因签名从这些和其他出版物将使研究人员和临床医生对小说进行分类患者基因表达数据,允许的直接临床应用分类器包含在PDATK。总的来说,PDATK提供了一组丰富的工具来识别和验证有用的预后和分子亚型的基因表达数据的基础上,对现有新基准分类器,在小说病人数据发现了分类器应用于临床决策提供信息。

作者:这个Sandhu (aut) Heewon Seo (aut),克里斯托弗•伊尔斯(aut) Neha Rohatgi[所有],本杰明Haibe-Kains (aut (cre)

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“PDATK”)

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文档

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browseVignettes (“PDATK”)

HTML	R脚本	PCOSP:胰腺癌总体生存预测
HTML	R脚本	PDATK_introduction.html
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,GeneExpression,GenePrediction,遗传药理学,药物基因组学,软件,生存
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),SummarizedExperiment
进口	data.table,MultiAssayExperiment,ConsensusClusterPlus,igraph,ggplotify,matrixStats,RColorBrewer,clusterRepro,CoreGx,脱字符号,survminer、方法、S4Vectors,BiocGenerics,生存统计数据,plyr,dplyr,MatrixGenerics,BiocParallel,rlang,钢琴,尺度,survcomp,genefu,ggplot2,开关箱,reportROC,pROC,验证,跑龙套
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),msigdbr,BiocStyle,rmarkdown,knitr,HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/bhklab/PDATK/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PDATK_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	PDATK_1.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	PDATK_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PDATK
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PDATK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PDATK/
包下载报告	下载数据