PAA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PAA

这是发展PAA版本;稳定版请参见PAA．

PAA(蛋白质阵列分析仪)

Bioconductor版本:开发(3.17)

PAA导入单色(蛋白质)微阵列数据，该数据已保存在gpr文件格式-特别是ProtoArray数据。预处理(背景校正、批过滤、归一化)后，进行单变量特征预选(例如，使用“最小M统计量”方法-以下简称“mm”)。随后，进行多元特征选择以发现候选生物标志物。因此，可以使用基于频率的向后消除方法或集成特征选择。PAA提供了一个完整的分析工具工具箱，包括用于结果检查和评估的几种不同的图。

作者:Michael Turewicz [aut, cre]， Martin Eisenacher [ctb, cre]

维护者:Michael Turewicz < Michael。tuturewicz at rub.de>， Martin Eisenacher < Martin。Eisenacher在rub.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PAA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (PAA)

PDF	R脚本	PAA教程
PDF		PAA_1.7.1.pdf
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，微阵列，OneChannel，蛋白质组学，软件
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (>= 3.2.0)，Rcpp(> = 0.11.6)
进口	e1071，gplots，gtools，limma，质量，mRMRe，randomForest，ROCR，股东价值分析
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，RUnit，BiocGenerics，vsn
SystemRequirements	c++软件包随机丛林
增强了
URL	http://www.ruhr-uni-bochum.de/mpc/software/PAA/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PAA_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	PAA_1.33.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PAA_1.33.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PAA_1.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PAA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PAA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PAA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PAA/
软件包下载报告	下载数据