Oscope

DOI:10.18129 / B9.bioc.Oscope

这是发展Oscope版本;稳定版请参见Oscope．

Oscope -用于识别非同步单细胞RNA-seq中振荡基因的统计管道

Bioconductor版本:开发(3.17)

Oscope是一种统计管道，用于识别和恢复非同步单细胞RNA-seq实验中振荡基因的基周期谱。Oscope管道包括三个模块:一个正弦模型模块，用于搜索候选振荡器对;K-medoids聚类模块将候选振荡器聚类到组中;以及一个扩展的最近插入模块，以恢复每个振子组的基周期顺序。

作者:宁冷

维护人员:Ning Leng

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Oscope")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Oscope”)

PDF	R脚本	Oscope_vigette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，StatisticalMethod
版本	1.29.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	EBSeq，集群，testthat，BiocParallel
进口
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	scDDboost
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Oscope_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	Oscope_1.29.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Oscope_1.29.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Oscope_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Oscope
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Oscope
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Oscope/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Oscope/
软件包下载报告	下载数据