OncoSimulR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OncoSimulR

这是发展OncoSimulR版本;稳定版请参见OncoSimulR．

具有上位性癌症进展的正向遗传模拟

Bioconductor版本:开发(3.16)

在无性群体中进行前向群体遗传模拟的函数，特别关注癌症进展。适应度可以是多个基因或基因模块之间遗传相互作用的任意函数，包括上位性、突变积累的顺序限制和顺序效应。适应度也可以是其他基因型的相对频率和绝对频率的函数(即频率依赖性适应度)。基因之间的突变率可能不同，我们可以包括突变基因/反突变基因(以模拟突变表型)。模拟多物种场景和治疗干预也是可能的。模拟使用连续时间模型，可以包括驾驶员和乘客基因和模块。还包括用于:模拟在致癌树、连接贝叶斯网络和其他癌症进展模型中发现的随机dag类型的函数;从单个或多个模拟实现中绘制和采样，包括单细胞采样;绘制克隆体的亲子关系;生成随机的健身景观(粗糙的富士山，纸牌屋，添加剂，NK, Ising和Eggbox模型)并绘制它们。

作者:Ramon Diaz-Uriarte [aut, cre]， Sergio Sanchez-Carrillo [aut]， Juan Antonio Miguel Gonzalez [aut]， Mark Taylor [ctb]， Arash Partow [ctb]， Sophie Brouillet [ctb]， Sebastian Matuszewski [ctb]， Harry Annoni [ctb]， Luca Ferretti [ctb]， Guillaume Achaz [ctb]， Guillermo Gorines Cordero [ctb]， Ivan Lorca Alonso [ctb]， Francisco Mu\~noz Lopez [ctb]， David Roncero Moro\~no [ctb]， Alvaro Quevedo [ctb]， Pablo Perez [ctb]， Cristina Devesa [ctb]， Alejandro Herrador [ctb]， Holger Froehlich [ctb]，Florian Markowetz [ctb]， Achim Tresch [ctb]， Theresa Niederberger [ctb]， Christian Bender [ctb]， Matthias Maneck [ctb]， Claudio Lottaz [ctb]， Tim Beissbarth [ctb]， Sara Dorado Alfaro [ctb]， Miguel Hernandez del Valle [ctb]， Alvaro Huertas Garcia [ctb]， Diego Ma\~nanes Cayero [ctb]， Alejandro Martin Mu\~noz [ctb]， Marta Couce Iglesias [ctb]， Silvia Garcia Cobos [ctb]， Carlos Madariaga Aramendi [ctb]， Ana Rodriguez Ronchel [ctb]， Lucia Sanchez Garcia [ctb]， Yolanda Benitez Quesada [ctb]，阿西尔·费尔南德斯·帕托[ctb]，埃斯佩兰萨·洛佩斯[ctb]，阿尔贝托·曼努埃尔·帕拉·佩雷斯[ctb]，豪尔赫·加西亚·卡利亚[ctb]，安娜·德尔·拉莫·加利安[ctb]，亚历杭德罗·德·洛斯·雷耶斯[ctb]，吉列尔莫·加西亚·霍约斯[ctb]，罗莎莉亚·帕洛米诺·卡布雷拉[ctb]，拉斐尔·巴雷罗·罗德里格斯[ctb]，西尔维亚·塔拉维拉·马科斯[ctb]，尼古拉斯·恩德雷斯[ctb]

维护者:Ramon Diaz-Uriarte

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("OncoSimulR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“OncoSimulR”)

超文本标记语言	R脚本	OncoSimulR:在具有任意上位性相互作用的无性人群中进行正向遗传模拟，并专注于模拟肿瘤进展。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，软件，SomaticMutation
版本	3.5.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	Rcpp(>= 0.12.4)，平行，data.table，图，Rgraphviz，gtools，igraph、方法、RColorBrewergrDevices,车，dplyr，smatr，ggplot2，ggrepel，stringr
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，Oncotree，testthat(> = 1.0.0),rmarkdown，bookdown，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rdiaz02/OncoSimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/
BugReports	https://github.com/rdiaz02/OncoSimul/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	OncoSimulR_3.5.0.tar.gz
Windows二进制	OncoSimulR_3.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	OncoSimulR_3.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OncoSimulR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OncoSimulR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OncoSimulR/
软件包下载报告	下载数据