Omnipathr

doi：10.18129/b9.bioc.omnipathr

这是发展Omnipathr的版本;对于稳定版本，请参阅Omnipathr。

Omnipath Web服务客户端等

生物导体版本：开发（3.14）

Omnipath Web服务（https://www.omnipathdb.org）和许多其他资源的客户端。它还包括转换和打印一些下载数据的功能，访问许多其他资源的功能，例如Bioplex，ConsenSusPathDB，Evex，Evex，Gene Ontology，药理学指南（IUPHAR/BPS指南），Inweb Inbiomap，Kegg Pathway，Pathway Commons，Ramilowski等。2015年，Regnetwork，Remap，TF人口普查，Trrust和Vinayagam等。2011年。此外，OmniPathr与NICHENET方法进行了密切的集成，用于从转录组学数据及其R实现“ Nichenetr”（仅在GitHub上可用）。

作者：Alberto Valdeolivas [AUT]，Denes turei [Cre，Aut]，Attila Gabor [aut]

维护者：durei

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ omnipathr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Omnipathr”）

html	R脚本	使用OmniPathr建立围绕药品目标的网络
html	R脚本	Omnipath Bioconductor研讨会
html	R脚本	OmniPathr：Omnipath Web服务的R客户端
html	R脚本	将Nichenet与OmniPathr一起使用
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，结肠管制，，，，基因信号，，，，GraphandNetwork，，，，kegg，，，，网络，，，，途径，，，，Singlecell，，，，软件，，，，系统生物学，，，，第三派对人，，，，转录组学
版本	3.1.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.1）
进口	检查员，，，，卷曲，，，，消化，，，，dplyr，，，，httr，，，，Igraph，，，，jsonlite，，，，之后，，，，记录器，，，，马格里特，，，，进步，，，，purrr，，，，Rappdirs，，，，readr，，，，readxl，，，，rlang，统计Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，tidyselect，工具，utils，XML2，，，，Yaml
链接
建议	生物使用，，，，dnet，，，，GGPLOT2，，，，ggraph，，，，Gprofiler2，，，，尼特，，，，mlrmbo，，，，并行示意图，，，，Paramhelpers，，，，rmarkDown，，，，Smoof，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://saezlab.github.io/omnipathr/
BugReports	https://github.com/saezlab/omnipathr/issues
取决于我
进口我	wppi
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Omnipathr_3.1.0.tar.gz
Windows二进制	Omnipathr_3.1.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Omnipathr_3.1.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omnipathr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/omnipathr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/omnipathr/
软件包下载报告	下载统计