先驱者

DOI:10.18129 / B9.bioc.OUTRIDER

这是发展版本的先驱者;稳定的发布版本,请参阅先驱者。

先驱者——RNA-Seq仪离群值

Bioconductor版本:发展(3.16)

异常基因表达在RNA-seq数据的识别。读计数预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,RNA-seq读计数假定遵循gene-specific色散的负二项分布。离群值被确定为读计数显著偏离这一分布。此外,先驱者提供有用的绘图函数来分析和可视化的结果。

作者:Felix Brechtmann (aut),基督教莫特(aut (cre) Agne Matuseviciute (aut),米凯拉费穆勒(施),韦森特Yepez (aut),朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“先驱者”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“先驱者”)

PDF	R脚本	先驱者:局外人RNA-seq仪
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),BiocParallel,GenomicFeatures,SummarizedExperiment,data.table、方法
进口	BBmisc,BiocGenerics,DESeq2(> = 1.16.1),泛型,GenomicRanges,ggplot2grDevices,的热图,pheatmap、图形、IRanges,matrixStats,情节,plyr,pcaMethods,PRROC,RColorBrewer,Rcpp,reshape2,S4Vectors,尺度样条函数统计,跑龙套
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,RMariaDB,AnnotationDbi,beeswarm,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER
取决于我
进口我	弗雷泽
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OUTRIDER_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	OUTRIDER_1.15.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	OUTRIDER_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OUTRIDER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/先驱者
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OUTRIDER/
包下载报告	下载数据