ORFIK

doi:10.18129/b9.bioc.orfik

这是发展Orfik的版本;对于稳定版本,请参阅ORFIK

基因组学中的打开阅读框

生物导体版本:开发(3.16)

通过操纵序列数据和NGS数据(例如Ribo-Seq,RNA-Seq,TCP-Seq和Cage)来分析转录本和翻译功能的R包装。从某种意义上说,可以分析任何成绩单区域的意义,因为该名称暗示了它是通过对开放式阅读框(ORF)的核糖体模式进行的研究,因为它是主要用例。通过使用C ++,Data.table和Genomicranges,ORFIK非常快。软件包允许使用Cage-seq数据,Riboseq读取自动转移,为整个基因组找到开放式阅读帧等等,可以重新分配成绩单。

作者:Haakon Tjeldnes [AUT,CRE,DTC],Kornel Labun [AUT,CPH],Michal Swirski [CTB],Katarzyna Chyzynska [CTB,DTC],Yamila Torres torres cleuren [CTB]

维护者:Haakon Tjeldnes

引用(从r内,输入引用(“ Orfik”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ orfik”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Orfik”)

html R脚本 Annotation_alignment.html
html R脚本 ORFIK概述
html R脚本 orfikexperiment.html
html R脚本 ribo-seq_pipeline.html
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 结盟,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,功能基因组学,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,核糖,,,,测序,,,,软件
版本 1.17.3
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(4。5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 r(> = 3.6.0),iranges(> = 2.17.1),基因组机(> = 1.35.1),基因组签名(> = 1.19.0)
进口 AnnotationDbi(> = 1.45.0),生物弦(> = 2.51.1),生物剂,,,,生物基因(> = 0.29.1),生物比较(> = 1.19.0),BSGENOME,,,,牛仔图(> = 1.0.0),Data.Table(> = 1.11.8),deseq2(> = 1.24.0),FST(> = 0.9.2),GenomeInfodB(> = 1.15.5),GenomicFeatures(> = 1.31.10),GGPLOT2(> = 2.2.1),栅格(> = 2.3),ggally(> = 1.4.0),httr(> = 1.3.0),jsonlite,方法(> = 3.6.0),r.utils,,,,RCPP(> = 1.0.0),rsamtools(> = 1.35.0),rtracklayer(> = 1.43.0),统计,总结性特征(> = 1.14.0),S4VECTORS(> = 0.21.3),工具,utils,XML2(> = 1.2.0)
链接 RCPP
建议 测试,,,,rmarkDown,,,,尼特,,,,生物使用,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL https://github.com/roleren/orfik
BugReports https://github.com/roleren/orfik/issues
取决于我 Ribocrypt
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 orfik_1.17.3.3.tar.gz
Windows二进制 orfik_1.17.3.3.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) orfik_1.17.3.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/orfik
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/orfik
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/orfik/
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