ORFIK

doi：10.18129/b9.bioc.orfik

这是发展Orfik的版本；对于稳定版本，请参阅ORFIK。

基因组学中的打开阅读框

生物导体版本：开发（3.16）

通过操纵序列数据和NGS数据（例如Ribo-Seq，RNA-Seq，TCP-Seq和Cage）来分析转录本和翻译功能的R包装。从某种意义上说，可以分析任何成绩单区域的意义，因为该名称暗示了它是通过对开放式阅读框（ORF）的核糖体模式进行的研究，因为它是主要用例。通过使用C ++，Data.table和Genomicranges，ORFIK非常快。软件包允许使用Cage-seq数据，Riboseq读取自动转移，为整个基因组找到开放式阅读帧等等，可以重新分配成绩单。

作者：Haakon Tjeldnes [AUT，CRE，DTC]，Kornel Labun [AUT，CPH]，Michal Swirski [CTB]，Katarzyna Chyzynska [CTB，DTC]，Yamila Torres torres cleuren [CTB]

维护者：Haakon Tjeldnes

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ orfik”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Orfik”）

html	R脚本	Annotation_alignment.html
html	R脚本	ORFIK概述
html	R脚本	orfikexperiment.html
html	R脚本	ribo-seq_pipeline.html
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，功能基因组学，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，核糖，，，，测序，，，，软件
版本	1.17.3
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.6.0），iranges（> = 2.17.1），基因组机（> = 1.35.1），基因组签名（> = 1.19.0）
进口	AnnotationDbi（> = 1.45.0），生物弦（> = 2.51.1），生物剂，，，，生物基因（> = 0.29.1），生物比较（> = 1.19.0），BSGENOME，，，，牛仔图（> = 1.0.0），Data.Table（> = 1.11.8），deseq2（> = 1.24.0），FST（> = 0.9.2），GenomeInfodB（> = 1.15.5），GenomicFeatures（> = 1.31.10），GGPLOT2（> = 2.2.1），栅格（> = 2.3），ggally（> = 1.4.0），httr（> = 1.3.0），jsonlite，方法（> = 3.6.0），r.utils，，，，RCPP（> = 1.0.0），rsamtools（> = 1.35.0），rtracklayer（> = 1.43.0），统计，总结性特征（> = 1.14.0），S4VECTORS（> = 0.21.3），工具，utils，XML2（> = 1.2.0）
链接	RCPP
建议	测试，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL	https://github.com/roleren/orfik
BugReports	https://github.com/roleren/orfik/issues
取决于我	Ribocrypt
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	orfik_1.17.3.3.tar.gz
Windows二进制	orfik_1.17.3.3.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	orfik_1.17.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/orfik
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/orfik
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/orfik/
软件包下载报告	下载统计