OMICsPCA

DOI:10.18129 / B9.bioc.OMICsPCA

这是发展OMICsPCA版本;稳定的发布版本,请参阅OMICsPCA。

R包定量集成和分析多种组学从异类样本化验

Bioconductor版本:发展(3.17)

OMICsPCA分析管道设计整合多组学实验在不同的主题(例如细胞系,个人),治疗(如疾病/控制)或时间点,分析集成数据从各种不同的角度和观点。在它的核心OMICsPCA使用主成分分析(PCA)集成来自各种来源,因此multiomics实验数据的能力不足问题通过使用ingegrated数据作为代表。OMICsPCA可用于各种应用程序包括总体布局分析组学分析在不同样本/个人/时间点;由用户定义的分组化验条件;识别来源的变异,分析之间的相似/不同,变量或个人。

作者:Subhadeep Das (aut (cre)博士Sucheta Tripathy(施)

维护人员:Subhadeep Das < subhadeep1024 gmail.com >

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“OMICsPCA”)

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HTML	R脚本	OMICsPCA
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细节

biocViews	BiologicalQuestion,BiomedicalInformatics,聚类,DataRepresentation,DimensionReduction,表观遗传学,EpigeneticsWorkflow,FunctionalGenomics,GUI,GeneticVariability,ImmunoOncology,MultipleComparison,PrincipalComponent,SingleCell,软件,转录,可视化,工作流
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),OMICsPCAdata
进口	HelloRanges,fpc统计数据,MultiAssayExperiment,pdftools、方法、grDevices跑龙套,clValid,NbClust,cowplot,rmarkdown,kableExtra,rtracklayer,IRanges,GenomeInfoDb,reshape2,ggplot2,factoextra,rgl,corrplot,质量、图形、FactoMineR,PerformanceAnalytics,tidyr,data.table,集群,魔法
链接
建议	knitr,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
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包档案

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源包	OMICsPCA_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	OMICsPCA_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	OMICsPCA_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OMICsPCA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OMICsPCA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/OMICsPCA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OMICsPCA/
包下载报告	下载数据