食人魔

DOI:10.18129 / B9.bioc.OGRE

这是发展食人魔的版本;稳定版请参见食人魔．

计算，可视化和分析基因组区域之间的重叠

Bioconductor版本:开发(3.17)

OGRE计算用户定义的基因组区域数据集之间的重叠。任何区域都可以提供，即基因，snp，或测序实验的reads。关键数字有助于分析重叠的延伸，也可以在基因组水平上可视化。

作者:Sven Berres [aut, cre]， Jörg Gromoll [ctb]， Marius Wöste [ctb]， Sarah Sandmann [ctb]， Sandra Laurentino [ctb]

维护者:Sven Berres

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("OGRE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“食人魔”)

超文本标记语言	R脚本	食人魔
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，BiologicalQuestion，宏基因组，测序，软件，可视化，WorkflowStep
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)，S4Vectors
进口	GenomicRanges、方法、data.table，为了，ggplot2，Gviz，IRanges，AnnotationHub， grDevices, stats，GenomeInfoDb，闪亮的，shinyFiles，DT，rtracklayer，shinydashboard，shinyBS，tidyr
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr(> = 1.36),rmarkdown(> = 2.11)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/svenbioinf/OGRE/
BugReports	https://github.com/svenbioinf/OGRE/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	OGRE_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	OGRE_1.3.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	OGRE_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	OGRE_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OGRE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OGRE
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/OGRE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OGRE/
软件包下载报告	下载数据