食人魔

DOI:10.18129 / B9.bioc.OGRE

这是发展食人魔的版本;稳定版请参见食人魔

计算,可视化和分析基因组区域之间的重叠

Bioconductor版本:开发(3.17)

OGRE计算用户定义的基因组区域数据集之间的重叠。任何区域都可以提供,即基因,snp,或测序实验的reads。关键数字有助于分析重叠的延伸,也可以在基因组水平上可视化。

作者:Sven Berres [aut, cre], Jörg Gromoll [ctb], Marius Wöste [ctb], Sarah Sandmann [ctb], Sandra Laurentino [ctb]

维护者:Sven Berres

引文(从R内,输入引用(“食人魔”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("OGRE")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“食人魔”)

超文本标记语言 R脚本 食人魔
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释BiologicalQuestion宏基因组测序软件可视化WorkflowStep
版本 1.3.0
在Bioconductor BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1.0),S4Vectors
进口 GenomicRanges、方法、data.table为了ggplot2GvizIRangesAnnotationHub, grDevices, stats,GenomeInfoDb闪亮的shinyFilesDTrtracklayershinydashboardshinyBStidyr
链接
建议 testthat(> = 3.0.0),knitr(> = 1.36),rmarkdown(> = 2.11)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/svenbioinf/OGRE/
BugReports https://github.com/svenbioinf/OGRE/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 OGRE_1.3.0.tar.gz
Windows二进制 OGRE_1.3.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) OGRE_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) OGRE_1.3.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OGRE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OGRE
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/OGRE/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/OGRE/
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