奥得河

DOI:10.18129 / B9.bioc.ODER

这是发展ODER版本;稳定版请参见奥得河．

优化表达区域的定义

Bioconductor版本:开发(3.17)

ODER的目的是利用rna测序数据识别先前未注释的表达区域(ERs)。为此，ODER定义并优化了er的定义，然后使用连接数据将这些er连接到基因。通过这种方式，ODER改进了基因注释。基因注释是许多生物信息学管道的主要输入，更完整的基因注释可以更准确地解释疾病相关变异。

作者:Emmanuel Olagbaju [aut]， David Zhang [aut, cre]，塞巴斯蒂安·盖尔菲[ctb]，席特哈尔特·塞西[ctb]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ODER")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“奥得河”)

超文本标记语言	R脚本	ODER简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，GenomeAnnotation，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	BiocGenerics，BiocFileCache，dasper，derfinder，dplyr，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，ggplot2，ggpubr，ggrepel，magrittr，rtracklayer，S4Vectors，stringr，data.table，megadepth、方法、plyr，purrr，宠物猫,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，covr，knitr，重新计票，RefManageR，rmarkdown，sessioninfo，SummarizedExperiment，testthat(> = 3.0.0),GenomicFeatures，xfun
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/eolagbaju/ODER
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/ODER
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ODER_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ODER
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ODER
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ODER/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ODER/
软件包下载报告	下载数据