这是发展NxtIRFcore版本;稳定的发布版本,请参阅NxtIRFcore。
Bioconductor版本:发展(3.17)
交互地分析基因内区保留和可变剪接事件(ASE) RNA-seq数据。BAM NxtIRF量化ASE事件文件一致使用splice-aware基因组对准器等明星。核心的定量算法依赖于IRFinder / c++引擎移植通过Rcpp多平台的兼容性。此外,NxtIRF提供方便的管道下游分析和publication-ready可视化工具。注意,NxtIRFcore现在取而代之的是SpliceWiz Bioconductor 3.16起。
作者:亚历克斯芽黄黑(cre, aut cph],威廉•里奇(cph) Ulf施密茨(施)
维修工:亚历克斯芽黄黑<。黄在centenary.org.au >
从内部引用(R,回车引用(“NxtIRFcore”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“NxtIRFcore”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NxtIRFcore”)
HTML | R脚本 | NxtIRFcore:微分可变剪接和基因内区保留分析 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,RNASeq,软件,转录组 |
版本 | 1.5.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(1年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.5.0),NxtIRFdata |
进口 | 方法、统计跑龙套、工具、平行,magrittr,Rcpp(> = 1.0.5),data.table,置,ggplot2,AnnotationHub,BiocFileCache,BiocGenerics,BiocParallel,Biostrings,BSgenome,DelayedArray,DelayedMatrixStats,genefilter,GenomeInfoDb,GenomicRanges,HDF5Array,IRanges,情节,R.utils,rhdf5,rtracklayer,SummarizedExperiment,S4Vectors |
链接 | Rcpp,zlibbioc,RcppProgress |
建议 | knitr,rmarkdown,pheatmap,闪亮的,openssl,蜡笔,蛋,DESeq2,limma,DoubleExpSeq,Rsubread,testthat(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | https://github.com/alexchwong/NxtIRFcore |
BugReports | https://support.bioconductor.org/ |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | NxtIRFcore_1.5.0.tar.gz |
Windows二进制 | NxtIRFcore_1.5.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | NxtIRFcore_1.5.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | NxtIRFcore_1.5.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NxtIRFcore |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NxtIRFcore |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/NxtIRFcore/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NxtIRFcore/ |
包下载报告 | 下载数据 |