NoRCE

DOI:10.18129 / B9.bioc.NoRCE

这是发展NoRCE版本;稳定的发布版本请参见NoRCE。

非编码RNA集顺式注释与富集

生物导体版本:开发(3.14)

虽然一些非编码rna (ncRNAs)已被发现在生物过程中发挥重要的调节作用，但大多数仍在功能上未被确定。每当需要在功能上下文中分析一组有趣的ncrna集合时，这就提出了一个挑战。位于基因组附近的转录本通常是一起调控的，这种空间上的接近暗示了功能上的联系。基于这个想法，我们提出了一个R包，NoRCE，它对一组给定的ncrna进行顺式富集分析。富集是通过使用位于输入ncrna附近的编码基因的功能注释来进行的。NoRCE允许整合其他生物信息，如拓扑关联域(TAD)区域、共表达模式和miRNA靶信息。NoRCE存储库包含多个数据文件，如细胞系特异性TAD区域、功能基因集和癌症表达数据。此外，用户可以输入自定义数据文件。结果可以以表格格式检索或以图表形式查看。NoRCE目前适用于以下物种:人类、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、蠕虫和酵母。

作者:Gulden Olgun

维护人员:Gulden Olgun < Gulden at cs.bilkent.edu.tr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("NoRCE")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NoRCE”)

超文本标记语言	R脚本	非编码RNA集顺式注释与富集
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion,DifferentialExpression,去,GeneSetEnrichment,GeneTarget,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	KEGGREST,png,dplyr、图形、RSQLite,DBI,tidyrgrDevices,S4Vectors,SummarizedExperimentreactome.db,rWikiPathways,RCurl,dbplyr跑龙套,ggplot2,igraph统计数据,reshape2,readrGO.db,zlibbioc,biomaRt,rtracklayer,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,AnnotationDbi
链接
建议	knitr, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38。knownGene TxDb.Drerio.UCSC.danRer10。refGene TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10。knownGene TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,testthatTxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene,rmarkdown, TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6。refGene TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene, org.Mm.eg.db, org.Rn.eg.db, org.Hs.eg.db, org.Dr.eg.db，BiocGenerics、org.Sc.sgd.db、org.Ce.eg.db、org.Dm.eg.db、methods
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/guldenolgun/NoRCE/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	NoRCE_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	NoRCE_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NoRCE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NoRCE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NoRCE/
包下载报告	下载数据