NewWave

DOI:10.18129 / B9.bioc.NewWave

这是发展NewWave的版本;稳定版请参见NewWave．

scRNA-seq的负二项式模型

Bioconductor版本:开发(3.17)

设计用于scRNA-seq数据降维和批效应去除的模型。它被设计为使用防止内存复制的共享对象进行大规模并行，并且可以与不同的迷你批处理方法一起使用，以减少时间消耗。它假设有一个分散参数的数据的负二项分布，可以在基因和基因上都是常见的。

作者:Federico Agostinis [aut, cre]， Chiara Romualdi [aut]， Gabriele Sales [aut]， Davide Risso [aut]

维护者:Federico Agostinis < Federico。Agostinis在outlook.com>上说

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("NewWave")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect，报道，GeneExpression，回归，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，SummarizedExperiment
进口	方法,SingleCellExperiment平行,irlba，矩阵，DelayedArray，BiocSingular，SharedObject,统计数据
链接
建议	testthat，rmarkdown，飞溅，mclust，Rtsne，ggplot2，Rcpp，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/fedeago/NewWave/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制	NewWave_1.9.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	NewWave_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	NewWave_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NewWave
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NewWave
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NewWave/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NewWave/
软件包下载报告	下载数据