NetSAM

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetSAM

这是发展NetSAM版本;稳定的发布版本,请参阅NetSAM。

网络系列化和模块化

Bioconductor版本:发展(3.17)

NetSAM(网络系列化和模块化)包需要的edge-list表示加权或未加权的网络作为输入,执行网络系列化和模块化分析,并生成文件作为输入,可以用于一维网络可视化工具NetGestalt (http://www.netgestalt.org)或其他网络分析。NetSAM包也能生成相关网络(例如co-expression网络)根据输入矩阵数据,执行系列化和模块化分析相关的网络和计算示例功能和模块之间的关联或确定相关条款模块。

作者:王静<静。王在bcm.edu >

维护人员:施Zhiao < Zhiao。史:gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“NetSAM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NetSAM”)

PDF	R脚本	NetSAM用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	1.39.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.0.0),系列化(> = 1.0 6),igraph(> = 0.6 1)、工具(> = 3.0.0),WGCNA(> = 1.34.0),biomaRt(> = 2.18.0)
进口	方法,AnnotationDbi(> = 1.28.0),doParallel(> = 1.0.10),foreach(> = 1.4.0),生存(2.37 > = 7),GO.db(> = 2.10.0),R2HTML(> = 2.2.0),DBI(> = 0.5 - 1)
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,org.Sc.sgd.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Dm.eg.db,org.At.tair.db,rmarkdown,knitr,减价
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NetSAM_1.39.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	NetSAM_1.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetSAM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NetSAM
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NetSAM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NetSAM/
包下载报告	下载数据