NetPathMiner

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetPathMiner

这是发展NetPathMiner版本;稳定版请参见NetPathMiner．

NetPathMiner用于生物网络构建，路径挖掘和可视化

Bioconductor版本:开发(3.16)

NetPathMiner是一个使用基因组规模网络进行网络路径挖掘的通用框架。它从KGML, SBML和BioPAX文件构建网络，提供三种网络表示，代谢，反应和基因表示。NetPathMiner查找活动路径，并应用机器学习方法总结发现的路径，以便于解释。它还提供了网络和路径的静态和交互式可视化，以帮助人工调查。

作者:Ahmed Mohamed < Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>， Tim Hancock ， Takigawa一作< Takigawa at kuicr.kyoto-u.ac.jp>， Nicolas Wicker < Nicolas。柳条在unistra.fr>

维护者:Ahmed Mohamed < Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("NetPathMiner")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NetPathMiner”)

超文本标记语言	R脚本	NetPathMiner装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，GraphAndNetwork，网络，通路，软件
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.2)，igraph(> = 1.0)
进口
链接
建议	rBiopaxParser(> = 2.1),RCurl，图，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements	libxml2, libSBML (>= 5.5)
增强了
URL	https://github.com/ahmohamed/NetPathMiner
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NetPathMiner_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	NetPathMiner_1.33.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	NetPathMiner_1.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetPathMiner
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NetPathMiner
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NetPathMiner/
软件包下载报告	下载数据