NetActivity

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetActivity

这是发展NetActivity版本;稳定版请参见NetActivity

从深度学习框架计算基因集得分

Bioconductor版本:开发(3.17)

#' NetActivity能够从先前训练的稀疏连接自编码器中计算基因集得分。这个包包含一个准备数据的函数(' preparesummarizeexperiment ')和一个计算基因集得分的函数(' computeGeneSetScores ')。包“NetActivityData”包含不同的预训练模型,可直接应用于数据。另外,用户也可以使用该软件包使用自定义模型计算基因集得分。

作者:Carlos Ruiz-Arenas [aut, cre]

维护者:Carlos Ruiz-Arenas < Carlos .ruiza at upf.edu>

引文(从R内,输入引用(“NetActivity”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("NetActivity")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“NetActivity”)

超文本标记语言 R脚本 用NetActivity计算基因集得分
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews FunctionalGenomicsGeneExpression微阵列通路RNASeq软件转录
版本 1.1.0
在Bioconductor BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 气道DelayedArrayDelayedMatrixStatsDESeq2,方法,方法,NetActivityDataSummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 AnnotationDbiBiocStyleFletcher2013aknitrorg.Hs.eg.dbrmarkdowntestthat(> = 3.0.0),tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 NetActivity_1.1.0.tar.gz
Windows二进制 NetActivity_1.1.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) NetActivity_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) NetActivity_1.1.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetActivity
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NetActivity
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/NetActivity/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/NetActivity/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网