NetActivity

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetActivity

这是发展NetActivity版本;稳定版请参见NetActivity．

从深度学习框架计算基因集得分

Bioconductor版本:开发(3.17)

#' NetActivity能够从先前训练的稀疏连接自编码器中计算基因集得分。这个包包含一个准备数据的函数(' preparesummarizeexperiment ')和一个计算基因集得分的函数(' computeGeneSetScores ')。包“NetActivityData”包含不同的预训练模型，可直接应用于数据。另外，用户也可以使用该软件包使用自定义模型计算基因集得分。

作者:Carlos Ruiz-Arenas [aut, cre]

维护者:Carlos Ruiz-Arenas < Carlos .ruiza at upf.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("NetActivity")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NetActivity”)

超文本标记语言	R脚本	用NetActivity计算基因集得分
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalGenomics，去，GeneExpression，微阵列，通路，RNASeq，软件，转录
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	气道，DelayedArray，DelayedMatrixStats，DESeq2，方法，方法，NetActivityData，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi，BiocStyle，Fletcher2013a，knitr，org.Hs.eg.db，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NetActivity_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	NetActivity_1.1.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	NetActivity_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	NetActivity_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetActivity
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NetActivity
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NetActivity/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NetActivity/
软件包下载报告	下载数据