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- Bioconductor 3.17
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- NanoStringQCPro(开发版)
NanoStringQCPro
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DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoStringQCPro
这是发展NanoStringQCPro版本;稳定的发布版本,请参阅NanoStringQCPro。
质量指标和数据处理方法NanoString信使rna基因表达数据
Bioconductor版本:发展(3.17)
NanoStringQCPro提供了一组质量指标,可用于评估NanoString信使rna基因表达数据的质量,即识别异常值探测和离群值的样本。它还提供了不同的背景减法和归一化方法对于这个数据。它输出建议萎靡不振的样品质量控制/探测器和一个容易可共享的html输出。
作者:多罗斯镍<镍。多罗斯在gene.com >,托马斯Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com >,罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >,Richard Bourgon
维修工:罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“NanoStringQCPro”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“NanoStringQCPro”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NanoStringQCPro”)
| vignetteNanoStringQCPro.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 微阵列,归一化,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,mRNAMicroarray |
| 版本 | 1.31.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(8年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 3.2),方法 |
| 进口 | AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7) |
| 链接 | |
| 建议 | roxygen2(> = 4.0.1),testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | NanoStringQCPro_1.31.0.tar.gz |
| Windows二进制 | NanoStringQCPro_1.31.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | NanoStringQCPro_1.31.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | NanoStringQCPro_1.31.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NanoStringQCPro |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/NanoStringQCPro/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NanoStringQCPro/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
