NBAMSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.NBAMSeq

这是发展NBAMSeq版本;稳定的发布版本,请参阅NBAMSeq。

负二项相加模型RNA-Seq数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

高通量测序实验紧随其后的微分表达式分析是一种广泛使用的方法来检测基因生物标记。微分表达式分析模型中的一个基本步骤之间的关系感兴趣的基因数量和协变量。NBAMSeq一个灵活的基于广义相加模型和统计模型允许在方差估计的基因信息共享。

作者:徐任(aut (cre),裴分矿(aut)

维护人员:徐任< xuren2120 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“NBAMSeq”)

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文档

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HTML	R脚本	负二项相加模型RNA-Seq数据
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细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6),SummarizedExperiment,S4Vectors
进口	DESeq2,mgcv-24年(> = 1.8),BiocParallel,genefilter、方法、统计数据
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/reese3928/NBAMSeq
BugReports	https://github.com/reese3928/NBAMSeq/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NBAMSeq_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	NBAMSeq_1.15.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NBAMSeq_1.15.0.tgz
macOS二进制(arm64)	NBAMSeq_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NBAMSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NBAMSeq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NBAMSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NBAMSeq/
包下载报告	下载数据