MutationalPatterns

DOI:10.18129 / B9.bioc.MutationalPatterns

这是发展MutationalPatterns版本;稳定版请参见MutationalPatterns．

突变过程的全基因组综合分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

突变过程在基因组DNA中留下特征足迹。该软件包提供了一套全面灵活的功能，使研究人员能够轻松地评估和可视化碱基替代目录中的大量突变模式，例如健康样本、肿瘤样本或dna修复缺陷细胞。该软件包涵盖了广泛的模式，包括:突变特征，转录和复制链偏倚，病变分离，基因组分布和与基因组特征的关联，这些对于研究突变过程的活性具有共同意义。该软件包适用于单核苷酸变体(SNVs)、插入和删除(Indels)、双碱基替换(DBSs)和更大的多碱基替换(MBSs)。该软件包既提供了从头提取突变签名的功能，也提供了在单个样本水平上确定先前识别的突变签名的贡献的功能。MutationalPatterns集成了常见的R基因组分析工作流程，并允许与(公开可用的)注释数据轻松关联。

作者:弗里克·曼德斯[aut]， Francis Blokzijl [au]，罗尔·杨森[au]，德坎特[ctb]，冈良佳[ctb]，马克·范·鲁斯马伦[cre]，鲁本·范·博克斯泰尔[aut, cph]，埃德温·库彭[au]

维护者:Mark van Roosmalen

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MutationalPatterns")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MutationalPatterns”)

超文本标记语言	R脚本	突变模式介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，软件，SomaticMutation
版本	3.7.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)，GenomicRanges(> = 1.24.0),NMF(> = 0.20.6)
进口	统计数据,S4Vectors，BiocGenerics(> = 0.18.0),BSgenome(> = 1.40.0),VariantAnnotation(> = 1.18.1),dplyr(> = 0.8.3),宠物猫(> = 2.1.3),purrr(> = 0.3.2),tidyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.4.0),magrittr(> = 1.5),ggplot2(> =魅惑,pracma(> = 1.8.8),IRanges(> = 2.6.0),GenomeInfoDb(> = 1.12.0),Biostrings(> = 2.40.0),ggdendro-20年(> = 0.1),cowplot(> = 0.9.2),ggalluvial(> = 0.12.2),RColorBrewer、方法
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),BiocStyle(> = 2.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)biomaRt(> = 2.28.0),gridExtra(> = 2.2.1),rtracklayer(> = 1.32.2),ccfindR(> = 1.6.0),GenomicFeatures，AnnotationDbi，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/doi:10.1186/s12864-022-08357-3
全靠我
进口我
建议我	追求者
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MutationalPatterns_3.7.0.tar.gz
Windows二进制	MutationalPatterns_3.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MutationalPatterns_3.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MutationalPatterns
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MutationalPatterns/
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