MungeSumstats

DOI:10.18129 / B9.bioc.MungeSumstats

这是发展MungeSumstats版本;稳定版请参见MungeSumstats

标准化来自GWAS的汇总统计数据

Bioconductor版本:开发(3.17)

*MungeSumstats*包旨在促进GWAS汇总统计的标准化。它重新格式化输入的汇总统计数据,以包括SNP、CHR、BP,并可以在任何缺失的情况下查找这些值。它还执行数十个QC和过滤步骤,以确保高数据质量和最小化研究之间的差异。

作者:Alan Murphy [aut, cre],布莱恩·席尔德[aut, ctb],内森·斯基恩[au]

维护者:Alan Murphy

引文(从R内,输入引用(“MungeSumstats”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MungeSumstats")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MungeSumstats”)

超文本标记语言 R脚本 码头工人
超文本标记语言 R脚本 MungeSumstats
超文本标记语言 R脚本 OpenGWAS
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ComparativeGenomics遗传学GenomeWideAssociationGenomicVariation预处理单核苷酸多态性软件WholeGenome
版本 1.7.14
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1)
进口 magrittrdata.table跑龙套,R.utilsdplyr统计数据,GenomicRangesIRangesGenomeInfoDbBSgenomeBiostringsstringrVariantAnnotationgoogleAuthRhttrjsonlite,方法,并行,rtracklayer(> = 1.59.1),RCurl
链接
建议 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38BiocGenericsS4Vectorsrmarkdown减价knitrtestthat(> = 3.0.0),UpSetRBiocStylecovrRsamtoolsMatrixGenericsBiocParallelGenomicFiles
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats
BugReports https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MungeSumstats_1.7.14.tar.gz
Windows二进制 MungeSumstats_1.7.14.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64) MungeSumstats_1.7.14.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MungeSumstats
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MungeSumstats
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MungeSumstats/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MungeSumstats/
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