MultiAssayExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MultiAssayExperiment

这是发展MultiAssayExperiment版本;稳定版请参见MultiAssayExperiment．

在Bioconductor集成多组学实验的软件

Bioconductor版本:开发(3.17)

MultiAssayExperiment协调了在重叠标本集上执行的多个实验分析的数据管理。它通过扩展summarizeexperiment的概念，提供了熟悉的Bioconductor用户体验，支持开放式的标准数据类混合，用于个人分析，并允许通过基因组范围或行名进行子集设置。提供了将数据重塑为宽格式和长格式的工具，以适应绘图和下游分析。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]， Levi Waldron [aut]， MultiAssay SIG [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MultiAssayExperiment")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MultiAssayExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	多分析实验的协调分析
超文本标记语言	R脚本	hdf5阵列和MultiAssayExperiment
PDF		MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf
超文本标记语言	R脚本	快速启动指南
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		MultiAssayExperiment演示
视频		Marcel Ramos, Workshop 200: MultiAssayExperiment和策展tcgadata生物导体2020研讨会

细节

biocViews	DataRepresentation，基础设施，软件
版本	1.25.1
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)，SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口	方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocBaseUtils，BiocGenerics，DelayedArray，S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges，Biobase统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，HDF5Array(> = 1.19.17),knitr，maftools(> = 2.7.10),rmarkdown，R.rsp，RaggedExperiment，UpSetR，生存，survminer，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/
BugReports	https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues
全靠我	篮球选手，cBioPortalData，ClassifyR，curatedTCGAData，evaluomeR，glmSparseNet，hipathia，InTAD，米娅，microbiomeDataSets，midasHLA，missRows，OMICsPCAdata，QFeatures，SingleCellMultiModal，terraTCGAdata，TimiRGeN
进口我	AffiXcan，意大利苦杏酒，微生物，自治，biosigner，CoreGx，科拉尔，curatedTBData，埃尔默，FindIT2，火焰，还装有，爱马仕，HMP2Data，LinkHD，metabolomicsWorkbenchR，现代艺术博物馆，msqrob2，MuData，MultiBaC，netDx，OMICsPCA，omicsPrint，莲花，PDATK，PharmacoGx，phenomis，ropls，scp，TCGAutils，vsclust，xcore
建议我	BiocOncoTK，brgedata，CNVRanger，德科，maftools，MOFA2，MOFAdata，MultiDataSet，RaggedExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MultiAssayExperiment_1.25.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	MultiAssayExperiment_1.25.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MultiAssayExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MultiAssayExperiment/
软件包下载报告	下载数据