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- Bioconductor 3.17
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- MotifDb(开发版)
MotifDb
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DOI:10.18129 / B9.bioc.MotifDb
这是发展MotifDb版本;稳定的发布版本,请参阅MotifDb。
一个带注释的Protein-DNA绑定序列的集合
Bioconductor版本:发展(3.17)
超过9900的带注释的位置频率矩阵14公共来源,为多个生物。
作者:保罗•香农马特·理查兹
维修工:保罗·香农< pshannon systemsbiology.org >
从内部引用(R,回车引用(“MotifDb”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MotifDb”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MotifDb”)
| HTML | R脚本 | pwm的集合 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | MotifAnnotation,软件 |
| 版本 | 1.41.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |文件许可证 |
| 取决于 | R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings |
| 进口 | rtracklayer,splitstackshape |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit,seqLogo,BiocStyle,knitr,rmarkdown,formatR,减价 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | generegulation,motifbreakR,trena |
| 进口我 | rTRMui |
| 建议我 | ATACseqQC,DiffLogo,enhancerHomologSearch,igvR,模因,MMDiff2,motifcounter,motifStack,profileScoreDist,PWMEnrich,rTRM,TFutils,universalmotif,vtpnet |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | MotifDb_1.41.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MotifDb_1.41.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | MotifDb_1.41.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | MotifDb_1.41.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MotifDb |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MotifDb |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MotifDb/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MotifDb/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
