Modstrings

DOI:10.18129 / B9.bioc.Modstrings

这是发展Modstrings版本;稳定的发布版本,请参阅Modstrings。

使用修改后的核苷酸序列

Bioconductor版本:发展(3.16)

代表核苷酸修改在核苷酸序列通常是通过特殊字符的来源。这是一个挑战与R和Biostrings包。Modstrings包实现这个functionallity RNA和DNA序列包含修改核苷酸通过转换字符内部为了工作的基础设施Biostrings包。这ModRNAString和ModDNAString类衍生物和函数构造和修改这些对象尽管implemenented编码问题。除了从序列转换列表像位置信息实现(和反向操作)。

作者:Felix通用恩斯特(aut (cre),丹尼斯·l·j·拉方丹则施,曾经

维修工:Felix通用恩斯特< felix.gm。恩斯特在outlook.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Modstrings”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Modstrings”)

HTML	R脚本	Modstrings
HTML	R脚本	Modstrings-DNA-alphabet
HTML	R脚本	Modstrings-RNA-alphabet
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,基础设施,测序,软件
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6),Biostrings(> = 2.51.5)
进口	方法,BiocGenerics,GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,XVector,stringi,stringr,蜡笔,grDevices
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,usethis
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/FelixErnst/Modstrings/issues
取决于我	EpiTxDb,RNAmodR,tRNAdbImport
进口我	tRNA
建议我	EpiTxDb.Hs.hg38,EpiTxDb.Sc.sacCer3
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Modstrings_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	Modstrings_1.13.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Modstrings_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Modstrings
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Modstrings
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Modstrings/
包下载报告	下载数据