- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- MineICA(开发版)
MineICA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.MineICA
这是发展MineICA版本;稳定的发布版本,请参阅MineICA。
分析ICA分解获得的基因组数据
Bioconductor版本:发展(3.17)
MineICA的目标是进行独立分量分析(ICA)在多个转录组数据集,将额外的数据(e。g分子、临床和病理)。这种综合ICA有助于组件通过研究它们的生物学解释与变量(e。g示例注释)和基因集,使组件的比较从不同的数据集使用correlation-based图。
作者:安妮Biton
维护人员:安妮Biton <安妮。在gmail.com biton >
从内部引用(R,回车引用(“MineICA”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MineICA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MineICA”)
| R脚本 | MineICA:独立分量分析的基因组数据 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | MultipleComparison,软件,可视化 |
| 版本 | 1.39.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(10年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R(> = 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase,plyr,ggplot2,尺度,foreach,xtable,biomaRt,gtools,GOstats,集群,marray,mclust,RColorBrewer,色彩,igraph,Rgraphviz,图,注释,Hmisc,fastICA,玉 |
| 进口 | AnnotationDbi,光民,fpc,lumiHumanAll.db |
| 链接 | |
| 建议 | biomaRt,GOstats,集群,hgu133a.db,mclust,igraph,breastCancerMAINZ,breastCancerTRANSBIG,breastCancerUPP,breastCancerVDX,未来,future.apply |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | doMC |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | MineICA_1.39.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MineICA_1.39.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | MineICA_1.39.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | MineICA_1.39.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MineICA |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MineICA |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MineICA/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MineICA/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
