MicrobiotaProcess

DOI:10.18129 / B9.bioc.MicrobiotaProcess

这是发展MicrobiotaProcess版本;稳定的发布版本,请参阅MicrobiotaProcess。

全面的R包管理和分析微生物和其他生态整理框架中的数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

MicrobiotaProcess R包进行分析,可视化和生物标志物的发现微生物数据集。介绍了MPSE类,这使它更可互操作与现有计算生态系统。此外,它引入了一个整洁的微生物组数据结构范式和分析语法。它提供了各种各样的微生物组数据分析程序的统一和共同框架下(tidy-like框架)。

作者:Shuangbin徐(aut (cre),Guangchuang Yu (aut,施莱)

维护人员:徐Shuangbin < xshuangbin 163. com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MicrobiotaProcess”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	介绍MicrobiotaProcess
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文本		新闻

细节

biocViews	FeatureExtraction,微生物组,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.13.1
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	GPL (> = 3.0)
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	猿,tidyr ggplot2、magrittr dplyr,Biostringsggrepel素食,动物园,ggtreetidytree(> = 0.4.2)、质量、方法、rlang,宠物猫,grDevices,统计,跑龙套,硬币,ggsignif,东拼西凑,ggstar, tidyselect,SummarizedExperimentforeach,treeio(> = 1.17.2)、支柱、cli plyr, dtplyr,ggtreeExtra,data.table
链接
建议	rmarkdown, prettydoc、testthat knitr、nlme phangorn,解读randomForest jsonlite,biomformat、天平、yaml withr,S4Vectorspurrr seqmagick,胶水,corrr ggupset, ggVennDiagram, gghalves, ggalluvial (> = 0.11.1) forcats,phyloseq,ggnewscale aplot ggside ggh4x,hopach、平行、shadowtextDirichletMultinomial
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MicrobiotaProcess_1.13.1.tar.gz
Windows二进制	MicrobiotaProcess_1.13.1.zip
macOS二进制(x86_64)	MicrobiotaProcess_1.13.1.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiotaProcess
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MicrobiotaProcess
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MicrobiotaProcess/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MicrobiotaProcess/
包下载报告	下载数据