MethylSeekR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylSeekR

这是发展MethylSeekR版本;稳定发布版本请参见MethylSeekR．

Bis-seq数据分割

Bioconductor版本:开发(3.16)

这是一个用于从Bis-seq数据中发现调控区域的包

作者:卢卡斯·伯格，迪莫斯·盖达兹斯，德克·舒贝尔和迈克尔·施塔德勒

维护者:Lukas Burger

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MethylSeekR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MethylSeekR”)

PDF	R脚本	MethylSeekR
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，MethylSeq，测序，软件
版本	1.37.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	rtracklayer(>= 1.16.3)，平行(>= 2.15.1)，mhsmm(> = 0.4.4)
进口	IRanges(> = 1.16.3),BSgenome(> = 1.26.1),GenomicRanges(> = 1.10.5),geneplotter(> = 1.34.0)、图形(> = 2.15.2),grDevices(> = 2.15.2),并行(> = 2.15.2),数据(> = 2.15.2),跑龙套(> = 2.15.2)
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	methylPipe，RnBeads
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MethylSeekR_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	MethylSeekR_1.37.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MethylSeekR_1.37.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MethylSeekR_1.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylSeekR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethylSeekR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethylSeekR/
包下载报告	下载数据