MethylMix

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylMix

这是发展MethylMix版本;稳定的发布版本,请参阅MethylMix。

MethylMix:确定甲基化驱动癌症基因

Bioconductor版本:发展(3.18)

MethylMix是一种算法实现识别超和hypomethylated基因疾病。MethylMix基于测试混合模型来确定甲基化状态和比较其与正常的DNA甲基化状态。MethylMix使用一种新颖的统计,甲基化微分值或DM-value定义为不同的甲基化状态与正常的甲基化状态。最后,匹配的基因表达数据用来识别,除了微分,功能甲基化的国家通过专注于甲基化基因表达变化的影响。引用:Gevaert 0。MethylMix: R包识别DNA methylation-driven基因。生物信息学(英国牛津大学)。2015;31 (11):1839 - 41。doi: 10.1093 /生物信息学/ btv020。Gevaert O, Tibshirani R, Plevritis SK。使用MethylMix Pancancer DNA methylation-driven基因的分析。 Genome Biology. 2015;16(1):17. doi:10.1186/s13059-014-0579-8.

作者:奥利弗Gevaert

维修工:奥利弗Gevaert <奥利维尔。在gmail.com gevaert >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MethylMix”)

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文档

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HTML	R脚本	MethylMix
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,GeneRegulation,MethylationArray,网络,通路,软件,StatisticalMethod
版本	2.31.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	foreach、RPMM RColorBrewer、ggplot2 RCurl,嫁祸于data.table,limma,R。matlab,消化
链接
建议	BiocStyle,testthat doParallel knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MethylMix_2.31.0.tar.gz
Windows二进制	MethylMix_2.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MethylMix_2.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylMix
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethylMix
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MethylMix/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethylMix/
包下载报告	下载数据