MethylAid

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylAid

这是发展MethylAid版本;稳定的发布版本,请参阅MethylAid。

视觉和互动质量控制的大型Illumina公司DNA甲基化数组的数据集

Bioconductor版本:发展(3.17)

视觉和交互的web应用程序使用RStudio闪亮的包。坏质量检测到样品使用的数组和sample-independent控制出现在和用户可调阈值。深入探索坏质量的样品可以使用几个交互式诊断块执行质量控制探测器出现在数组中。此外,任何用户提供的批处理效应的影响可以探索。

作者:范Iterson (aut (cre)·托比[所有],罗德里克Slieker[所有],Wouter窝霍兰德[所有],Rene Luijk[所有]和Bas他(施)

维护人员:剩下Sinke <剩下在lumc.nl Sinke >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MethylAid”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MethylAid”)

PDF	R脚本	MethylAid:视觉和互动质量控制Illumina公司人类DNA甲基化的数组数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,DNAMethylation,GUI,MethylationArray,微阵列,质量控制,软件,TwoChannel,可视化
版本	1.33.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4)
进口	Biobase,BiocParallel,BiocGenerics,ggplot2、网格gridBasegrDevices图形,hexbin,matrixStats,minfi(> = 1.22.0)、方法RColorBrewer,闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,MethylAidData,minfiData,minfiDataEPIC,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	MethylAidData
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MethylAid_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	MethylAid_1.33.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MethylAid_1.33.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MethylAid_1.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylAid
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethylAid
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MethylAid/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethylAid/
包下载报告	下载数据