MethReg

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethReg

这是发展MethReg版本;稳定版请参见MethReg．

评估DNA甲基化区域或位点对基因转录的调节潜力

Bioconductor版本:开发(3.17)

表观全基因组关联研究(EWAS)检测到大量的DNA甲基化差异，通常有数百个甲基化差异区域和数千个cpg，这些差异区域与疾病显著相关，许多位于非编码区域。因此，我们迫切需要更好地了解这些CpG甲基化的功能影响，并进一步优先考虑这些重大变化。MethReg是一个R包，用于DNA甲基化、靶基因表达和转录因子结合位点数据的整合建模，以系统地识别和排序功能性CpG甲基化。MethReg使用匹配的甲基化和基因表达数据，以及基于手动管理、ChIP-seq实验或基因调控网络分析的外部tf -靶点相互作用数据库，评估、优先级和注释具有高调控潜力的CpG位点。

作者:Tiago Silva [aut, cre]，王丽丽[aut]

维护者:Tiago Silva

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MethReg")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“MethReg”)

超文本标记语言	R脚本	MethReg:估计基因转录中DNA甲基化的调节潜力
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细节

biocViews	表观遗传学，GeneExpression，GeneTarget，MethylationArray，回归，软件，转录
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	dplyr，plyr，GenomicRanges，SummarizedExperiment，DelayedArray，ggplot2，ggpubr，宠物猫，tidyr，S4Vectors，sesameData，芝麻，AnnotationHub，ExperimentHub，stringr，readr，方法，统计，矩阵，质量，rlang，pscl，IRanges，sfsmisc，进步,跑龙套
链接
建议	rmarkdown，BiocStyle，testthat(>= 2.1.0)，平行，下载器，R.utils，doParallel，reshape2，JASPAR2022，TFBSTools，motifmatchr，matrixStats，biomaRt，多萝西娅，毒蛇，经验丰富的人，BiocFileCache，png，htmltools，knitr，jpeg，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/TransBioInfoLab/MethReg/issues/
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MethReg_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	MethReg_1.9.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MethReg_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MethReg_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethReg
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethReg
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MethReg/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethReg/
软件包下载报告	下载数据