MethPed

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethPed

这是发展MethPed版本;稳定的发布版本,请参阅MethPed。

DNA甲基化分类器小儿脑瘤亚型的识别的工具

Bioconductor版本:发展(3.14)

小儿肿瘤的生物分类定义的子类型是具有挑战性的和多方面的方法是必要的。为此目的,我们开发了基于DNA甲基化的诊断分类器配置文件。我们提供MethPed作为一个易于使用的工具箱,允许进行研究和临床诊断测试单样品以及大军团小儿脑瘤的子类的预测。当前版本的MethPed可以划分以下肿瘤诊断/子组:弥漫性内在脑桥的神经胶质瘤(DIPG),室管膜瘤,胚胎性肿瘤与多层圆花饰(ETMR)、胶质母细胞瘤(GBM),成神经管细胞瘤(MB) - 3组(MB_Gr3),组4 (MB_Gr3),组WNT (MB_WNT)组嘘(MB_SHH)和Pilocytic星形细胞瘤(PiloAstro)。

作者:默罕默德·坦维尔•艾哈迈德(aut,实验室),安娜Danielsson (aut),西拉德所(aut,实验室),海伦娜卡伦(cre, aut cph]

维护人员:海伦娜卡伦< helenacarenlab gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MethPed”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MethPed”)

HTML	R脚本	MethPed用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,DNAMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,软件
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.0),Biobase
进口	randomForestgrDevices图形,统计数据
链接
建议	BiocStyle,knitr,减价,嫁祸于
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MethPed_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	MethPed_1.21.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	MethPed_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethPed
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethPed
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethPed/
包下载报告	下载数据