MethCP

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethCP

这是发展MethCP的版本;稳定版请参见MethCP．

亚硫酸氢盐测序数据的差异甲基化分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

MethCP是一种全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)数据的差异甲基化区(DMR)检测方法，适用于两组比较之外的广泛实验设计，如时间过程数据。MethCP基于变化点检测来识别DMRs，它自然地分割基因组并提供区域级的差异分析。

作者:龚博英[aut, cre]

维护人员:Boying Gong

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MethCP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialMethylation，测序，软件，TimeCourse，WholeGenome
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	方法，utils，统计，S4Vectors，bsseq，DSS，methylKit，DNAcopy，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，BiocParallel
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/boyinggong/methcp/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethCP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethCP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethCP/
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