比喻

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetaPhOR

这是发展隐喻的版本;稳定版请参见比喻．

RNA代谢途径分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

MetaPhOR的开发是为了使用户能够使用转录组水平的数据(rna测序和微阵列数据)评估代谢失调，并产生出版质量的数据。一个差异表达基因(DEGs)列表，包括来自DESeq2或limma的折叠变化和p值，可以用作输入，以样本大小作为隐喻，并将生成每个KEGG途径的得分数据帧。这些分数代表通路内转录变化的大小和方向，以及估计的p值。比喻then uses these scores to visualize metabolic profiles within and between samples through a variety of mechanisms, including: bubble plots, heatmaps, and pathway models.

作者:Emily Isenhart [aut, cre]， Spencer Rosario [aut]

维护者:Emily Isenhart < Emily。Isenhart在roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MetaPhOR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“隐喻”)

超文本标记语言	R脚本	比喻
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，KEGG，代谢组学，微阵列，通路，RNASeq，测序，软件
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	跑龙套,ggplot2，ggrepel，stringr，pheatmap， grDevices, stats，clusterProfiler，RecordLinkage，RCy3
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，kableExtra
SystemRequirements	Cytoscape(>= 3.9.0)用于cytoPath()示例
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MetaPhOR_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	MetaPhOR_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	MetaPhOR_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaPhOR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetaPhOR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MetaPhOR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetaPhOR/
软件包下载报告	下载数据