MetNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetNet

这是发展MetNet版本;稳定的发布版本,请参阅MetNet。

从没有针对性高分辨率质谱数据推断的代谢网络

Bioconductor版本:发展(3.17)

MetNet包含功能代谢网络拓扑推断从定量数据和高分辨率质量/电荷信息。使用统计模型(包括相关性、互信息、回归和贝叶斯统计数据)和定量数据特性(强度值)邻接矩阵是推断,可以结合一个共识矩阵。质量/电荷之间的质量差异计算值的特性将匹配的数据帧提供质量/电荷差异指转换酶的活动。第三步,两个级别的信息组合起来形成一个邻接矩阵推断从定量和结构信息。

作者:托马斯Naake (aut (cre) Liesa沙尔茨(施)

维护人员:托马斯Naake < thomasnaake googlemail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MetNet”)

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文档

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browseVignettes (“MetNet”)

HTML	R脚本	高分辨率的代谢组学数据的工作流
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文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,网络,回归,软件
版本	1.17.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0),S4Vectors(> = 0.28.1),SummarizedExperiment(> = 1.20.0)
进口	bnlearn(> = 4.3),BiocParallel(> = 1.12.0),corpcor(> = 1.6.10),dplyr(> = 1.0.3),ggplot2(> = 3.3.3),GeneNet(> = 1.2.15),GENIE3(> = 1.7.0)、方法(> = 3.5),parmigene(> = 1.0.2中),心理(> = 2.1.6),rlang(> = 0.4.10),刺穿了(> = 0.6),数据(> = 3.6),宠物猫(> = 3.0.5),tidyr(> = 1.1.2)
链接
建议	BiocGenerics(> = 0.24.0),BiocStyle(> = 2.6.1),glmnet(> = 4.1 - 1),igraph(> = 1.1.2),knitr(> = 1.11),rmarkdown(> = 1.15),testthat(> = 2.2.1),光谱(> = 1.4.1),MsCoreUtils(> = 1.6.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MetNet_1.17.1.tar.gz
Windows二进制	MetNet_1.17.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MetNet_1.17.1.tgz
macOS二进制(arm64)	MetNet_1.17.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetNet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetNet
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MetNet/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetNet/
包下载报告	下载数据