mwastools

doi:10.18129/b9.bioc.mwastools

这是发展Mwastools的版本;对于稳定版本,请参阅mwastools

Mwastools:进行代谢室范围关联研究的集成管道

生物导体版本:开发(3.16)

Mwastools提供了一条完整的管道来进行全代谢组的关联研究。包装的关键功能包括:质量控制分析,对代谢数据;MWA使用不同的关联模型(部分相关;广义线性模型);使用非参数自举验证的模型验证;MWAS结果的可视化;NMR代谢物使用stocsy鉴定;和MWAS结果的生物学解释。

作者:Andrea Rodriguez-Martinez,Joram M. Posma,Rafael Ayala,Ana L. Neves,Maryam Anwar,Jeremy K. Nicholson,Marc-Emmanuel Dumas

维护者:Andrea Rodriguez-Martinez ,rafael ayala

引用(从r内,输入引用(“ Mwastools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ mwastools”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Mwastools”)

html R脚本 mwastools
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 化学信息学,,,,脂质组学,,,,代谢组学,,,,QualityControl,,,,软件,,,,系统生物学
版本 1.21.0
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(5年)
执照 CC BY-NC-ND 4.0
要看 R(> = 3.5.0)
进口 GLM2,,,,ppcor,,,,QVALUE,,,,,,,,引导, 网格,GGPLOT2,,,,栅格,,,,Igraph,,,,总结性特征,,,,kegggraph,,,,rcurl,,,,keggrest,,,,复杂的图像,统计,utils
链接
建议 运行,,,,生物基因,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 代谢信号
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 mwastools_1.21.0.tar.gz
Windows二进制 mwastools_1.21.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) mwastools_1.21.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mwastools
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/mwastools
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/mwastools/
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