这是发展Mwastools的版本;对于稳定版本,请参阅mwastools。
生物导体版本:开发(3.16)
Mwastools提供了一条完整的管道来进行全代谢组的关联研究。包装的关键功能包括:质量控制分析,对代谢数据;MWA使用不同的关联模型(部分相关;广义线性模型);使用非参数自举验证的模型验证;MWAS结果的可视化;NMR代谢物使用stocsy鉴定;和MWAS结果的生物学解释。
作者:Andrea Rodriguez-Martinez,Joram M. Posma,Rafael Ayala,Ana L. Neves,Maryam Anwar,Jeremy K. Nicholson,Marc-Emmanuel Dumas
维护者:Andrea Rodriguez-Martinez
引用(从r内,输入引用(“ Mwastools”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ mwastools”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Mwastools”)
html | R脚本 | mwastools |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 化学信息学,,,,脂质组学,,,,代谢组学,,,,QualityControl,,,,软件,,,,系统生物学 |
版本 | 1.21.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.5(R-3.4)(5年) |
执照 | CC BY-NC-ND 4.0 |
要看 | R(> = 3.5.0) |
进口 | GLM2,,,,ppcor,,,,QVALUE,,,,车,,,,引导, 网格,GGPLOT2,,,,栅格,,,,Igraph,,,,总结性特征,,,,kegggraph,,,,rcurl,,,,keggrest,,,,复杂的图像,统计,utils |
链接 | |
建议 | 运行,,,,生物基因,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | 代谢信号 |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | mwastools_1.21.0.tar.gz |
Windows二进制 | mwastools_1.21.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | mwastools_1.21.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mwastools |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/mwastools |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/mwastools/ |
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