MSstatsTMT

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsTMT

这是发展MSstatsTMT版本;稳定的发布版本,请参阅MSstatsTMT。

蛋白质意义分析猎枪质量spectrometry-based蛋白质组学实验与串联质量标签(TMT)标签

Bioconductor版本:发展(3.18)

包提供了统计工具,用于检测不同丰富蛋白质猎枪质量spectrometry-based蛋白质组的串联实验质量标签(TMT)标签。它提供多种功能,包括aata可视化、蛋白质量化和标准化,和统计建模和推理。此外,内部可操作与其他数据处理工具,如蛋白质组发现者,MaxQuant, OpenMS SpectroMine。

作者:Ting黄(aut (cre)之一Meena崔(aut) Mateusz Staniak (aut) Sicheng郝(aut),奥尔加Vitek (aut)

维护人员:黄Ting < thuang0703 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MSstatsTMT”)

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文档

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HTML	R脚本	MSstatsTMT用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	2.9.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2)
进口	limmalme4 lmerTest,方法,数据。表、统计跑龙套,ggplot2 grDevices,图形,MSstats,MSstatsConvert,将军
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://msstats.org/msstatstmt/
BugReports	https://groups.google.com/forum/ # ! / msstats论坛
取决于我
进口我	MSstatsPTM,MSstatsShiny
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSstatsTMT_2.9.0.tar.gz
Windows二进制	MSstatsTMT_2.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MSstatsTMT_2.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsTMT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSstatsTMT
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsTMT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsTMT/
包下载报告	下载数据