MSstatsShiny

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsShiny

这是发展MSstatsShiny版本;稳定的发布版本,请参阅MSstatsShiny。

MSstats GUI蛋白质组学实验的统计分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

MSstatsShiny是R-Shiny图形用户界面(GUI)结合R包MSstats MSstatsTMT, MSstatsPTM。它提供了一个点和点击的端到端分析管道适用于各种实验设计。这些包括data-dependedent收购(DDA) label-free或串联质量标签(TMT)的,以及DIA, SRM,人口、难民和移民事务局收购和那些目标转录后修饰(天车)。应用程序自动保存用户选择和构建一个R脚本,再现他们的分析,支持可再生的数据分析。

作者:德文郡科勒(aut (cre) Deril Raju (aut) Maanasa Kaza (aut),克里斯蒂娜•帕斯(aut) Ting黄(aut) Mateusz Staniak (aut)达瓦莫汉达斯·(aut),爱德华·Sabido (aut)之一Meena崔(aut),奥尔加Vitek (aut)

维护人员:德文郡科勒<科勒。d: northeastern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MSstatsShiny”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MSstatsShiny”)

HTML	R脚本	MSstatsPTM LabelFree工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GUI,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,OneChannel,蛋白质组学,质量控制,ShinyApps,软件,TwoChannel
版本	1.3.3
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2)
进口	闪亮的、shinyBS shinyjs shinybusy, dplyr ggplot2,数据。表、HmiscMSstats,MSstatsTMT,MSstatsPTM,MSstatsConvertgplots,marray,DT, readxl ggrepel、uuid跑龙套,统计,htmltools,方法,tidyr grDevices、图形
链接
建议	rmarkdown、tinytest sessioninfo、knitr testthat (> = 3.0.0), shinytest2,嘲弄
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsShiny/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSstatsShiny_1.3.3.tar.gz
Windows二进制	MSstatsShiny_1.3.3.zip
macOS二进制(x86_64)	MSstatsShiny_1.3.3.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsShiny
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSstatsShiny
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsShiny/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsShiny/
包下载报告	下载数据