MSstatsPTM

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsPTM

这是发展MSstatsPTM版本;稳定的发布版本,请参阅MSstatsPTM。

统计描述的转录后修饰

Bioconductor版本:发展(3.18)

MSstatsPTM提供一般统计方法定量描述的转录后修饰(天车)。支持银两,DIA、SRM和串联质量标签(TMT)标签。通常情况下,量化的分析包括天车网站(即。,modified residues) and their corresponding proteins, as well as the integration of the quantification results. MSstatsPTM provides functions for summarization, estimation of PTM site abundance, and detection of changes in PTMs across experimental conditions.

作者:德文郡科勒(aut (cre) Tsung-Heng蔡(aut) Ting黄(aut) Mateusz Staniak (aut)之一Meena崔(aut),奥尔加Vitek (aut)

维护人员:德文郡科勒<科勒。d: northeastern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MSstatsPTM”)

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文档

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browseVignettes (“MSstatsPTM”)

HTML	R脚本	MSstatsPTM LabelFree工作流
HTML	R脚本	MSstatsPTM TMT工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,OneChannel,蛋白质组学,质量控制,软件,TwoChannel
版本	2.3.4
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2)
进口	dplyr、gridExtra stringr,统计、ggplot2 stringi, grDevices,MSstatsTMT,MSstatsConvert,MSstats、数据。表、RcppBiostrings将军,ggrepel
链接	Rcpp
建议	knitr、rmarkdown tinytest covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsPTM/issues
取决于我
进口我	MSstatsLiP,MSstatsShiny
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSstatsPTM_2.3.4.tar.gz
Windows二进制	MSstatsPTM_2.3.4.zip
macOS二进制(x86_64)	MSstatsPTM_2.3.4.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsPTM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSstatsPTM
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsPTM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsPTM/
包下载报告	下载数据