MSNID

doi:10.18129/b9.bioc.msnid

这是发展MSNID的版本;对于稳定版本,请参阅MSNID

探索和评估LC-MSN蛋白质组学识别的置信度的实用程序

生物导体版本:开发(3.14)

从MZIDENDML(利用MZID软件包)或文本文件提取MS/MS ID数据。从多个数据集中整理搜索结果后,它评估其识别质量并优化过滤标准以达到最大识别次数,同时不超过指定的错误发现率。还包含许多实用程序来探索MS/MS结果,并​​评估错过和不规则的酶促切割,质量测量准确性等。

作者:弗拉德·彼得克(Vlad Petyuk)和劳伦特·加托(Laurent Gatto)

维护者:vlad petyuk

引用(从r内,输入引用(“ MSNID”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')biocmanager :: install(seltim nastion(“ msnid”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ MSNID”)

PDF R脚本 用MSNID处理修改
PDF R脚本 用于处理MS/MS标识的MSNID软件包
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 免疫学,,,,质谱,,,,蛋白质组学,,,,软件
版本 1.27.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(6。5年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.10),RCPP
进口 MSNBase(> = 1.12.1),mzid(> = 1.3.5),R.Cache,,,,foreach,,,,多帕尔,并行,方法,迭代器,,,,Data.Table,,,,生物酶,,,,蛋白质,,,,RESHAPE2,,,,dplyr,,,,MZR,,,,生物使用,,,,msmstests,,,,GGPLOT2,,,,运行,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,purrr,,,,rlang,,,,Stringr,,,,蒂布尔,,,,AnnotationHub,,,,AnnotationDbi,,,,Xtable
链接
建议
系统要求
增强
URL
取决于我 蛋白质组学
进口我
建议我 rforpoteomics
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 msnid_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) msnid_1.27.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msnid
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/msnid
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/msnid/
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