MSNID

doi：10.18129/b9.bioc.msnid

这是发展MSNID的版本;对于稳定版本，请参阅MSNID。

探索和评估LC-MSN蛋白质组学识别的置信度的实用程序

生物导体版本：开发（3.14）

从MZIDENDML（利用MZID软件包）或文本文件提取MS/MS ID数据。从多个数据集中整理搜索结果后，它评估其识别质量并优化过滤标准以达到最大识别次数，同时不超过指定的错误发现率。还包含许多实用程序来探索MS/MS结果，并​​评估错过和不规则的酶促切割，质量测量准确性等。

作者：弗拉德·彼得克（Vlad Petyuk）和劳伦特·加托（Laurent Gatto）

维护者：vlad petyuk

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: install（seltim nastion（“ msnid”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ MSNID”）

PDF	R脚本	用MSNID处理修改
PDF	R脚本	用于处理MS/MS标识的MSNID软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	免疫学，，，，质谱，，，，蛋白质组学，，，，软件
版本	1.27.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 2.10），RCPP
进口	MSNBase（> = 1.12.1），mzid（> = 1.3.5），R.Cache，，，，foreach，，，，多帕尔，并行，方法，迭代器，，，，Data.Table，，，，生物酶，，，，蛋白质，，，，RESHAPE2，，，，dplyr，，，，MZR，，，，生物使用，，，，msmstests，，，，GGPLOT2，，，，运行，，，，生物基因，，，，生物弦，，，，purrr，，，，rlang，，，，Stringr，，，，蒂布尔，，，，AnnotationHub，，，，AnnotationDbi，，，，Xtable
链接
建议
系统要求
增强
URL
取决于我	蛋白质组学
进口我
建议我	rforpoteomics
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	msnid_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	msnid_1.27.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msnid
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/msnid
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/msnid/
软件包下载报告	下载统计