MSA2dist

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSA2dist

这是发展MSA2dist版本;稳定的发布版本,请参阅MSA2dist。

MSA2dist计算两两之间的距离的所有序列DNAStringSet或AAStringSet使用自定义评分矩阵进行基于密码子的分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

MSA2dist计算两两之间的距离的所有序列DNAStringSet或AAStringSet使用自定义评分矩阵进行基于密码子的分析。它使用评分矩阵中使用这些两两距离calcualtions可以适应任何得分进行DNA或AA字符。例如通过使用文字距离MSA2dist IUPAC计算两两距离。

作者:克里斯蒂安·K乌尔里希(aut (cre)

维护人员:克里斯蒂安·K乌尔里希在evolbio.mpg.de > <乌尔里希

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MSA2dist”)

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文档

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HTML	R脚本	MSA2dist装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,去,遗传学,测序,软件
版本	1.3.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	Rcpp,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,猿,doParallel,dplyr,foreach、方法、并行rlang,seqinr,stringr,宠物猫,tidyr统计数据,stringi
链接	Rcpp,RcppThread
建议	rmarkdown,knitr,devtools,testthat,ggplot2,BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://gitlab.gwdg.de/mpievolbio-it/MSA2disthttps://mpievolbio-it.pages.gwdg.de/MSA2dist/
BugReports	https://gitlab.gwdg.de/mpievolbio-it/MSA2dist/issues
取决于我
进口我	doubletrouble
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSA2dist_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	MSA2dist_1.3.1.zip
macOS二进制(x86_64)	MSA2dist_1.3.1.tgz
macOS二进制(arm64)	MSA2dist_1.3.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSA2dist
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSA2dist
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MSA2dist/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSA2dist/
包下载报告	下载数据