MSA2dist

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSA2dist

这是发展MSA2dist版本;稳定的发布版本,请参阅MSA2dist

MSA2dist计算两两之间的距离的所有序列DNAStringSet或AAStringSet使用自定义评分矩阵进行基于密码子的分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

MSA2dist计算两两之间的距离的所有序列DNAStringSet或AAStringSet使用自定义评分矩阵进行基于密码子的分析。它使用评分矩阵中使用这些两两距离calcualtions可以适应任何得分进行DNA或AA字符。例如通过使用文字距离MSA2dist IUPAC计算两两距离。

作者:克里斯蒂安·K乌尔里希(aut (cre)

维护人员:克里斯蒂安·K乌尔里希在evolbio.mpg.de > <乌尔里希

从内部引用(R,回车引用(“MSA2dist”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MSA2dist”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 对齐,,遗传学,测序,软件
版本 1.3.1
Bioconductor自 BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 4.2.0)
进口 Rcpp,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,,doParallel,dplyr,foreach、方法、并行rlang,seqinr,stringr,宠物猫,tidyr统计数据,stringi
链接 Rcpp,RcppThread
建议 rmarkdown,knitr,devtools,testthat,ggplot2,BiocStyle
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://gitlab.gwdg.de/mpievolbio-it/MSA2disthttps://mpievolbio-it.pages.gwdg.de/MSA2dist/
BugReports https://gitlab.gwdg.de/mpievolbio-it/MSA2dist/issues
取决于我
进口我 doubletrouble
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MSA2dist_1.3.1.tar.gz
Windows二进制 MSA2dist_1.3.1.zip
macOS二进制(x86_64) MSA2dist_1.3.1.tgz
macOS二进制(arm64) MSA2dist_1.3.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSA2dist
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSA2dist
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MSA2dist/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MSA2dist/
包下载报告 下载数据

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