MMDiff2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMDiff2

这是发展MMDiff2版本;稳定版请参见MMDiff2。

ChIP-Seq数据集的统计检验

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包检测了不同ChIP-Seq样本中读取富集配置文件之间的统计显著差异。为了利用形状差异，它使用了核方法(最大平均差异，MMD)。

作者:Gabriele Schweikert [cre, aut]， David Kuo [aut]

维护者:Gabriele Schweikert

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MMDiff2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MMDiff2”)

PDF	R脚本	MMDiff2方法简介
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，测序，软件
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，Rsamtools，Biobase
进口	GenomicRanges，locfit，BSgenome，Biostrings，闪亮的，ggplot2，RColorBrewer，图形，grDevices，并行，S4Vectors、方法
链接
建议	MMDiffBamSubset，MotifDb，knitr，BiocStyle，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	MMDiffBamSubset
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MMDiff2_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	MMDiff2_1.25.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MMDiff2_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMDiff2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MMDiff2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MMDiff2/
软件包下载报告	下载数据