米拉

DOI:10.18129 / B9.bioc.MIRA

这是发展MIRA版本;稳定版请参见米拉

甲基化调控活性的推断

Bioconductor版本:开发(3.16)

DNA甲基化包含细胞调节状态的信息。MIRA将基因组规模的DNA甲基化数据聚合到具有共享生物注释的给定区域集的DNA甲基化配置文件中。MIRA使用该配置文件推断并对区域集的集体调节活动进行评分。MIRA有助于在传统调控分析困难的情况下进行调控分析,并允许利用区域集的公共来源对DNA甲基化数据集的调控状态进行新颖的洞察。

作者:Nathan Sheffield [aut], Christoph Bock [ctb], John Lawson [aut, cre]

维护者:John Lawson

引文(从R内,输入引用(“米拉”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MIRA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“米拉”)

超文本标记语言 R脚本 MIRA在生物学问题中的应用
超文本标记语言 R脚本 以甲基化为基础的调控活性推断
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细节

biocViews ChIPSeq报道DNAMethylation表观遗传学FunctionalGenomicsGeneRegulationGenomeAnnotationImmunoOncologyMethylSeq测序软件SystemsBiology
版本 1.19.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5)
进口 BiocGenericsS4VectorsIRangesGenomicRangesdata.tableggplot2Biobase统计数据,bsseq、方法
链接
建议 knitr平行,testthatBiocStylermarkdownAnnotationHub萝拉
SystemRequirements
增强了
URL http://databio.org/mira
BugReports https://github.com/databio/MIRA
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源包 MIRA_1.19.0.tar.gz
Windows二进制 MIRA_1.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MIRA_1.19.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIRA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MIRA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MIRA/
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