米拉

DOI:10.18129 / B9.bioc.MIRA

这是发展MIRA版本;稳定版请参见米拉．

甲基化调控活性的推断

Bioconductor版本:开发(3.16)

DNA甲基化包含细胞调节状态的信息。MIRA将基因组规模的DNA甲基化数据聚合到具有共享生物注释的给定区域集的DNA甲基化配置文件中。MIRA使用该配置文件推断并对区域集的集体调节活动进行评分。MIRA有助于在传统调控分析困难的情况下进行调控分析，并允许利用区域集的公共来源对DNA甲基化数据集的调控状态进行新颖的洞察。

作者:Nathan Sheffield [aut]， Christoph Bock [ctb]， John Lawson [aut, cre]

维护者:John Lawson

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MIRA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“米拉”)

超文本标记语言	R脚本	MIRA在生物学问题中的应用
超文本标记语言	R脚本	以甲基化为基础的调控活性推断
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细节

biocViews	ChIPSeq，报道，DNAMethylation，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，MethylSeq，测序，软件，SystemsBiology
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，data.table，ggplot2，Biobase统计数据,bsseq、方法
链接
建议	knitr平行,testthat，BiocStyle，rmarkdown，AnnotationHub，萝拉
SystemRequirements
增强了
URL	http://databio.org/mira
BugReports	https://github.com/databio/MIRA
全靠我
进口我	可可
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构建报告

包档案

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源包	MIRA_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	MIRA_1.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MIRA_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIRA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MIRA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MIRA/
软件包下载报告	下载数据