- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- MEDIPS(开发版)
MEDIPS
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DOI:10.18129 / B9.bioc.MEDIPS
这是发展MEDIPS版本;稳定的发布版本,请参阅MEDIPS。
DNA IP-seq数据分析
Bioconductor版本:发展(3.17)
MEDIPS开发分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,MEDIPS提供功能任何定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括覆盖组间差计算样品和饱和度和相关分析。
作者:卢卡斯查韦斯马提亚Lienhard,艾萨克·洛佩兹Moyado Joern黛德丽
维护人员:卢卡斯查韦斯< lukaschavez ucsd.edu >
从内部引用(R,回车引用(“MEDIPS”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MEDIPS”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MEDIPS”)
| R脚本 | MEDIPS | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,CopyNumberVariation,报道,CpGIsland,DNAMethylation,DifferentialExpression,遗传学,GenomeAnnotation,微阵列,预处理,质量控制,SequenceMatching,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.51.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(12.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.0),BSgenome,Rsamtools |
| 进口 | GenomicRanges,Biostrings、图形、gtools,IRanges、方法、统计跑龙套,刨边机,DNAcopy,biomaRt,rtracklayer,preprocessCore |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,MEDIPSData,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | MEDIPS_1.51.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MEDIPS_1.51.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | MEDIPS_1.51.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | MEDIPS_1.51.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEDIPS |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MEDIPS |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MEDIPS/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MEDIPS/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
